Magurski Park Narodowy objął swoimi granicami centralną - reprezentatywną część Beskidu Niskiego największego mezoregionu polskich Karpat. Na terenie Parku Narodowego, podobnie jak w całym Beskidzie Niskim występują tylko dwa pietra klimatyczne: piętro umiarkowanie ciepłe i piętro umiarkowanie chłodne.

 

Na terenie Parku stwierdzono do tej pory występowanie 767 gatunków roślin naczyniowych. Flora Magurskiego Parku Narodowego ma charakter przejściowy między Karpatami Wschodnimi a Zachodnimi, z czego 59 podlega ścisłej ochronie.

 

Park jest jedną z najbogatszych w Karpatach ostoi fauny leśnej, typowej dla piętra dolnoreglowego i pogórza. Zauważa się tutaj prawie całkowity brak elementów wysokogórskich, co wiąże się z niewielką wysokością tutejszych gór.